労災といえるためには、業務に起因して発生した傷病であることが必要ですが、業務起因性を判断するのは会社でもなく、従業員でもなく、労働基準監督署です。
社員の言い分も十分に聞き、会社としての立場も明確にした上で、会社として労災の証明を行うかを検討しましょう。
手続は、会社が労災と認めて申請しても、労働基準監督署が労災と認めない場合もありますし、逆に会社が労災ではないと考えても、従業員が単独で申請することも可能です。